Debido a su ubicación a los pies de los Pequeños Cárpatos y su vegetación riparia en las llanuras aluviales del Danubio, Bratislava posee bosques cerca del centro de la ciudad. La cantidad total de espacio verde público es 46,8 kilómetros cuadrados.
El mayor parque de la ciudad es el parque Horský (literalmente, el parque de la montaña), en la Ciudad Vieja.
El parque "Parque Forestal de Bratislava" se encuentra en los Cárpatos Pequeños e incluye muchos lugares populares entre los visitantes, como Zelezná studienka y Koliba. El Parque Forestal tiene una superficie de 27,3 km cuadrados, de los cuales el 96% es de bosques, y contiene flora y fauna original de Europa como los tejones, los zorros rojos y los muflones.
El Jardín zoológico de Bratislava se encuentra en Mlynská dolina, cerca de la sede de la Televisión Eslovaca. El zoológico fue fundado en 1960, y en la actualidad alberga 152 especies de animales, incluyendo unas especies exclusivas como el león blanco y el tigre blanco.
El Jardín Botánico, que pertenecen a la Universidad Comenius, se encuentra en la ribera del Danubio, y la casa de más de 120 especies nacionales, extranjeras y de origen exótico.
Respecto a los lagos, la ciudad posee un conjunto de lagos naturales provocados por el hombre, la mayoría de los cuales son utilizados para el ocio. Como por ejemplo el lago Strkovec en Ruzinov, el Kuchajda en Nové Mesto, los lagos Zlaté Piesky y Vajnory en el noreste y el lago Rusovce en el sur, que es popular entre los nudistas.